Embora as palavras sejam tratadas como sinônimas, existe uma pequena diferença em seu uso.
O presídio é um local para presos temporários que respondem processos. Quando a sentença de condenação é determinada, eles são transferidos para uma penitenciária. Em outras palavras, no presídio estão detidos aqueles que esperam por julgamento, enquanto na penitenciaria são detidos os condenados ao regime fechado.